Auf den ersten Blick entsteht zwischen der DSGVO und der neuen Whistleblower-Richtlinie ein Konflikt. Während Art.15 DSGVO dem Beschuldigten das Recht gibt Auskunft über die ihn betreffenden Daten zu erlangen, ist in Art. 16 der Richtlinie erklärt, dass die Identität des Hinweisgebers nicht offengelegt werden darf.
Gelöst werden könnten diese Konflikte jedoch durch Erwägungsgrund 84 der neuen Richtlinie: Demnach soll die uneingeschränkte Wirksamkeit der Richtlinie festgestellt werden, indem bestimmte Datenschutzrechte durch weitere gesetzgeberische Maßnahmen beschränkt werden sollen.